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[交流] 如何获取复杂、罕见物质的理化信息

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发表于 2010-12-14 10:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 eiarookie 于 2010-12-14 10:25 编辑

说明:有些物质,结构复杂,通常的百度google搜不到结果,怎么办?可以参考这个方案。


             本文系转帖,作者: 陈刚胜


1、
熔点(Melting Point)、沸点(Boiling Point)、闪点(Flash Point)、密度(Density)、溶解度(Water Solubility)、常温蒸汽压(Vapor pressure)、常温常压下的存在状态

资料来源:http://www.chemfinder.com/
。各种性质以列表的形式显示,组织在一个页面内,非常清晰。但此页面在免费使用时不能正确保存,不过只要熟悉其页面的组织,从保存的文本信息中还是可以得到各项信息。同时提供的还有分子的二维结构(图片形式)。ChemFinder 提供了三个数据库,Chemical Structures,Physical Properties和Hyperlinks,可以免费注册,但即使是注册后的用户,每次搜索也仅能得到符合条件的前25个化合物的信息,所以建议在搜索时尽可能多地使用限制条件。ChemINDEX相当于ChemFinder提供的数据库的专业版,提供的信息更为完全,搜索功能也更为强大,可以保存网页,但需要付费。我个人认为,想初步了解化合物的一般性质时ChemFinder较为方便实用。ChemFinder中可以用于搜索的有英文名 (Chemical Name),CAS登录号(CAS Number),分子式或分子量(Molecular Formula or Weight),分子结构。ChemFinder中提供了约75,000种化合物的性质数据。

2、
二维及三维分子结构

资料来源:http://www.chemfinder.com/
http://webbook.nist.gov/chemistry。后一网站的页面没有自动显示分子结构,需找到写有“2D Structure”或“3D Structure”的按纽,点击即可。但为查看这一分子结构,应安装chemdraw 软件,显示的结构可导出为 chemdraw 格式的文件。webbook中可用于搜索的有分子式(Formula),英文名(Name),CAS登录号(CAS registry number),反应(Reaction),发现人(Author),结构(Structure),离子能级(Ion energetics properties),振动能和电子能级(Vibrational and electronic energies),分子量(Molecularweight)。ChemFinder中提供了约75,000种化合物的结构数据,这一点别的网站多是望尘莫及。

3、
红外、紫外吸收及质谱

资料来源:http://webbook.nist.gov/chemistry
。在查询之前,如果在 IR Spectrum、UV/Visible Spectrum
、Mass Spectrum 前面的复选框进行了选择,则打开的网页将会包含这三类谱图。即使你没有选择,在搜索结果中,仍然有显示这些图谱的按钮,而不需重新搜索。为显示这些标准谱图需要安装 java 虚拟机,网页会自动对此进行检查,如果没有安装会问你是否下载这些组件,只需点击下载即可(随版本不同,大约在 5-10MB)。即使没有 java
虚拟机也可以从谱图区的下面找到下载 SVG格式或 JCAMP-DX 格式谱图的按纽。这些谱图提供了局部放大的功能,并且可以选择横纵坐标的单位和范围(这些功能仅当安装了java 虚拟机时才可用)。这些标准谱图往往有很多份,每一份都详细注明了来源、日期、测量方法等内容,可以相互参照比较。WebBook的数据库中含有17,000多种有机物和小分子化合物的红外谱图,1,600多种化合物的紫外吸收谱图,15,000多种化合物的质谱谱图。也可参考日本的网站http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/sdbs/owa/sdbs_sea.cre_frame_sea,其介绍见核磁共振谱部分的介绍。

4、
核磁共振谱

  令人遗憾的是,WebBook 并没有提供极为重要的核磁共振谱图,上海有机所的网站倒是提供了一个数据库,不过只能得到图谱的参数特征而不是完整的谱图,并且,搜索的功能也比较弱,仅能根据化合物英文名和CAS登录号来搜索,可能这也是国内的服务器水平所限,但这无关紧要,我们可以先通过WebBook 或 ChemFinder.com 得到这个物质的英文名和登录号。值得注意的是,这是一个大陆的中文网站,速度相当快,如果你不是要特别全,特别冷僻的化合物的资料,这是一个不错的选择。日本提供了一个免费的数据库,http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/sdbs/owa/sdbs_sea.cre_frame_sea,搜索方式包括英文名,分子量,分子式,所含原子种类及数目,CAS登录号,并支持根据图谱特征反查化合物。网站除提供1HNMR和13CNMR谱外,还同时提供质谱,红外光谱,拉曼光谱。本网站提供13,700多种物质的1HNMR谱和11,800多种13CNMR谱,就其他几种光谱而言,本网站提供的信息似乎必WebBook提供的要多很多,但本网站的缺点是只提供有机物的信息。

5、
晶体学信息包括晶胞参数、粉末X-射线衍射图谱


WebBook其实也提供了晶体学数据库,这似乎是一个好消息,不幸的是,如果你想得到这一服务,你得填一份关于你的详细信息的表格,并且这一信息服务不是即时的,而是在一段时间后通过电子邮件发送给你,这显然不是一个令人满意的方式,然而,鉴于WebBook信息的全面性和权威性,如果你不是那么急,有时等一下也是值得的。国内的晶体之星 (http://www.crystalstar.org/)网站是一个关于晶体教学和研究讨论的专业网站,其提供一个免费的粉晶衍射JCPDS卡片数据库在线检索系统,目前提供1-49plus70-86卷的11万3千种物质的完整数据在线检索,可以根据粉晶衍射图特征参数d或2θ值检索JCPDS卡片,检索时可对所含的元素进行限制,需要说明的是,这仅是一个供教学和科研用的一个并不权威的也没有自己独立版权的数据库,对前沿研究可能没什么用。由于这是一个以教学为目的的网站,对正在学习的本科生比较有用,并且通过这个网站可以获得一些专家建议的网址。

6、
热力学函数△fH○m、△fG○m和Cp或Cv等

  如果你在WebBook 的搜索选项中选择了Condensed phasethermochemistry data或Gas phasethermochemistry data,你将会得到物质的凝聚态或气态的上面所列的热力学数据,相应于每一个数据,都有测量人,测量时间,测量方法等信息,备注部分甚至还会告诉你这些数据是多少个实验的平均。

7、
常见的反应及与反应有关的热力学参数

WebBook 提供了大量的反应信息,以苯为例,提供了一百个和苯有关的反应数据.对每个反应, 给出了△fH○m、△fG○m的值.尤为可贵的是,对每一个反应参数WebBook都列出了很多测量数据供参考,且对于每一个数据都给出了测量人,测量时间,测量方法等信息。WebBook 同时也提供了专业的反应数据库Kinetics DatabaseResources ,你可以从页面上轻松地查到反应条件,反应速率常数信息,还可以进一步点击Detail获得更为详细的资料。Webbook提供了到专业的反应数据库的链接,如果想知道的是冷僻化合物的反应信息,或有先进的数据挖掘功能的数据库,还是该顺着链接走下去。Webbook中共含有约8,000个反应的数据。

8、
供求信息

ChemFinder同时提供网上购买信息,当查找到相应的物质后,点击有 ” Buy at ChemACX ”
的图标即可得到购买信息。对于供求信息,在我个人看来,在广告事业如此发达的今天,在通用搜索引擎上搜索 (建议使用(http://www.google.com/http://www.go.com/),一般都会有公司的广告。

9、 研究信息

对于比较前沿或比较热门的课题,使用通用搜索引擎可以很快得到一些相关的介绍文章,然后由这些文章的参考资料部分可得到更多的专业资料信息,由此展开,便可搜集到几乎所需的信息,这样做的好处在于搜集到的都是些引用率较高的文章,其质量都较高,极少遇到垃圾。如果想为研究提供帮助,那么可以到美国化学会www.acs.org或美国化学文摘www.cas.org去查找相关论文,当然,这已经超出了本文所说的一般信息的范畴。

参考资料:

1.《化学信息学》,缪强,高等教育出版社

2.涉及的各网站的 About us 和 Help
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