湿地保护还需要关注对湿地水生生物或湿生生物、鸟类等野生动物。除保持水力联系的通畅外，还需要控制污染和防止生态破坏。

保护水生生物就需要避免以湿地有污染物消纳的能力而大肆排污，使水生生物，包括水生浮游生物、底栖生物、着生生物、挺水植物、漂浮植物等受到污染和破坏，使以湿地为家园食源丧失，或以湿地为中转站、停歇地的鸟类失去驿站。

既要保护湿地中的水和生物，又要保护湿地外围的沙滩或陆地，因为这些沙滩或陆地往往是某些生物，特别是鸟类、龟鳖类产卵或育雏之地。因此，保护湿地不是就湿地而保护，而是需要保护其周边整体环境。对于开发建设项目，不是说不征占“湿地”就可以了，还需考虑是否影响湿地周边的环境。